Struktura BIOEAST HUB CZ reflektuje makro regionální strukturu BIOEAST a potřeby stakeholderů a je organizována na jednotlivé tematické skupiny. Některé tematické skupiny přejímají strukturu vytvořenou Inicitivou BIOEAST, jiné jsou vytvářené s ohledem na potřeby a zájmy národních stakeholderů.
